장기보유특별공제, 그게 뭔데 갑자기 뜨거운가
주택을 팔 때 내는 세금이 양도소득세다. 이 세금을 줄여주는 제도 가운데 가장 덩치가 큰 것이 장기보유특별공제(이하 장특공제)다. 오래 보유할수록 양도차익의 상당 부분을 공제해 줘서, 오랫동안 집을 지킨 집주인에게 유리하도록 설계됐다.
현행 구조는 이렇다. 1세대 1주택자가 실거래가 12억 원을 초과하는 고가 주택을 팔 때, 보유기간 공제(연 4%, 최대 10년=최대 40%)와 거주기간 공제(동일 구조, 최대 40%)를 합산해 최대 80%까지 양도차익을 공제받을 수 있다. 12억 원 이하 1주택은 비과세이므로 애초에 장특공제 논의 대상 자체가 아니다. 조정대상지역 내 다주택자는 2018년 4월 1일 이후 취득분부터 장특공제가 완전히 배제된다.
혜택의 90%가 서울에 집중되는 구조적 이유
2024년 고가 주택 장특공제 총액은 8,638억 원이다. 이 중 서울이 7,823억 원(90.6%)을 차지했다.1 서울·경기·인천 수도권을 합산하면 98.0%에 달한다. 부산의 장특공제 총액은 182억 원으로, 서울의 2.3% 수준에 불과하다.
왜 이런 쏠림이 생길까. 구조 자체가 ‘양도차익이 클수록 유리’하게 되어 있기 때문이다. 서울 강남권은 30년 전 취득 당시 수천만 원이던 주택이 지금은 20~30억 원을 넘는 경우가 허다하다. 차익이 크니 80%를 깎아줄 때 절세 금액이 압도적으로 커진다. 지방은 애초에 12억 원을 넘는 주택 자체가 드물어 비과세 혜택으로 끝나는 경우가 대부분이다.
30억 원 초과 초고가 주택에는 전체 공제액의 44%가 집중됐다.2 또한 장특공제 전체 규모 5조 원 중 52.3%가 20년 이상 보유자에게 귀속됐다는 분석도 나왔다.3 경실련이 분석한 사례를 보면, 강남 압구정 현대3차 아파트를 장특공제 적용 시 세 부담률이 7%에 그친 반면, 지방의 갭투자 사례에서는 7.9억 원의 세금이 부과됐다.4 ‘오래 가진 강남 집주인’에게 유리한 제도라는 비판이 나오는 배경이다.
개편안 두 가지 — 비교해보면
국회에는 현재 두 가지 방향의 개편안이 올라와 있다. 아직 확정된 법안이 없으므로, 현재 논의 단계임을 감안하고 봐야 한다.
| 구분 | 현행 | 개편안 ① (거주 중심 개편) |
개편안 ② (세액공제 한도제) |
|---|---|---|---|
| 공제 방식 | 보유공제 최대 40% + 거주공제 최대 40% = 최대 80% | 보유기간 공제 삭제, 거주기간 × 8% (최대 공제율 미정) | 최대 80% 공제율 폐지, 평생 세액공제 2억 원 한도 |
| 핵심 변화 | — | 비거주 보유에 혜택 없음 | 고액 양도차익자 세액 급증 |
| 발의 주체 | — | 국회 발의 (2026.04) | 진보당 윤종오 의원 발의 |
| 가장 불리한 케이스 | — | 서울 고가 비거주 장기보유자 | 양도차익 수십억 원대 초고가 보유자 |
| 실거주자 영향 | — | 거주공제 유지·강화로 사실상 중립~유리 | 2억 원 한도 내 수렴 시 중립 가능 |
이재명 대통령은 2026년 4월 18일 “비거주 보유기간 감면은 줄이고, 거주기간 감면은 확대하겠다”고 밝혔다.5 개편안 ①의 방향과 일치한다. 국민의힘은 ‘세금 폭탄’이라며 반대 입장을 유지하고 있다.
내 집은 해당될까? — 구간별 체크
불안이 앞서기 전에 내 집이 어느 구간인지를 먼저 확인해야 한다. 아래 세 가지 질문을 순서대로 따라가면 된다.
- ① 실거래가 12억 원 이하인가? → 1세대 1주택 비과세 구간이다. 장특공제 개편의 영향을 받지 않는다. 지방 대부분의 주택이 이 구간에 속한다.
- ② 12억 원 초과이지만 실거주 요건을 채웠는가? → 개편안 ①이 시행되더라도 거주기간 공제(× 8%)를 통해 상당한 혜택이 유지될 가능성이 있다. 현재 논의상 실거주자는 중립~소폭 유리한 방향이다.
- ③ 12억 원 초과, 비거주, 장기보유인가? → 이 구간이 이번 개편의 실질적 타깃이다. 특히 20년 이상 비거주 보유한 서울 강남권 아파트 소유자는 세 부담이 크게 늘어날 수 있다. 매도 시점을 2027년 시행 전후로 어떻게 설정할지 전문가 상담이 필요하다.
정리하면, 전국 주택의 절대다수는 이번 개편과 직접적인 접점이 없다. ‘장특공제 개편 = 전국 집값 충격’이라는 해석은 데이터와 거리가 있다.
종부세 패키지와 함께 봐야 하는 이유
장특공제 개편과 함께 종합부동산세 공정시장가액비율을 60%에서 80%로 상향하는 방안도 패키지로 검토되고 있다. 서울신문 보도(2026.07.09)에 따르면, 비율이 80%로 올라갈 경우 1인당 평균 종부세는 324만 원에서 624만 원으로 약 93% 늘어날 수 있다.6
이 두 개편은 동전의 양면이다. 장특공제 축소로 매도 시 세금이 늘고, 종부세 인상으로 보유 비용도 커지면, 서울 고가 비거주 주택을 장기 보유하려는 유인 자체가 줄어드는 구조다. 정부 입장에서는 ‘거주하거나 팔거나’ 양자택일을 유도하는 신호탄으로 해석할 수 있다. 다만 이런 종류의 정책 조합이 실제 시장에서 원하는 방향으로 작동한 사례가 많지 않다는 점도 냉정하게 봐야 한다.
실제로 서울 아파트 매매가격은 2026년 7월 첫째 주에 전주 대비 +0.30% 상승했다(한국부동산원, 2026.07.06).7 세제 개편 논의가 본격화되는 국면에서도 가격이 오른 사례가 나타나고 있다는 점은 주목할 만하다.
여야 입장과 시행 일정 — 확정된 것은 없다
현재로선 2027년 1월 1일 시행이 유력하게 거론되지만, 법안은 아직 확정되지 않았다. 여야 간 입장 차이가 크고 국회 논의도 진행 중이다. 개편안 ①과 ②는 방향이 다르므로, 어느 안이 채택되느냐에 따라 실제 세 부담은 크게 달라진다.
정부·여당 일각에서는 거주 요건을 충족한 실거주자를 보호하면서도 투기성 보유에 과세를 강화하는 절충안이 나올 가능성도 있다. 하반기 정기국회에서 최종 윤곽이 드러날 전망이다.
마치며 — 지금 당장 확인해야 할 것
장특공제 개편을 두고 ‘세금 폭탄’이라는 표현과 ‘조세 정상화’라는 표현이 동시에 나오는 이유는, 보는 위치가 다르기 때문이다. 서울 강남권 비거주 장기보유자에게는 전자가 맞는 말일 수 있고, 제도의 수혜가 극소수에 집중돼 있다는 관점에서는 후자도 논리가 없는 게 아니다.
핵심은 하나다. 내 집이 어느 구간에 해당하는지 먼저 파악하는 것. 12억 이하이거나 지방에 살고 있다면 당장 바뀌는 것은 없다. 서울 고가 주택을 비거주로 보유 중이라면, 2027년 시행 전에 세무사와 구체적인 시뮬레이션을 해보는 것이 현명하다.
- 연합뉴스, “고가주택 장기보유특별공제 90.6% 서울 집중”, 2026.06.29. https://www.yna.co.kr
- 리치맨인포, “30억 초과 주택에 장특공제 44% 쏠려”, 2026.07.01. https://www.richmaninfo.com
- 나라살림연구소, “장기보유특별공제 분석 보고서”, 2026.04. https://www.narasallim.net
- 경실련·동아일보, “압구정 현대3차 장특공제 세 부담 분석”, 2026.03.03. https://www.donga.com
- 이재명 대통령 발언, 2026.04.18. 연합뉴스 등 다수 보도.
- 서울신문, “종부세 공정시장가액비율 80% 시 1인당 624만원”, 2026.07.09. https://www.seoul.co.kr
- 한국부동산원, 주간 아파트 가격동향, 2026.07.06. https://www.reb.or.kr
투자 유의사항: 본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성되었으며, 개인별 세무·법률 조언을 대체하지 않습니다. 세제 개편안은 국회 심의 결과에 따라 내용이 변경될 수 있습니다. 부동산 투자 및 매도 결정 전 반드시 공인 세무사 또는 법무사와 개인 상황에 맞는 상담을 받으시기 바랍니다. 과거의 세제 혜택 구조나 시장 동향이 미래에도 동일하게 유지된다는 보장은 없습니다.
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